Eine erste urkundliche Erwähnung erfolgte am 1. April 1006, als König Heinrich II. zwei Hufen Acker in Burnacherum an seinen Kaplan Dietrich Rodensleben schenkte. In späteren Erwähnungen wurde der Ort als Bornicar, Bornikere, Börneker und letztlich als Börnecke genannt. 1902 schlossen sich Ober-Börnecke und Nieder-Börnecke zu Preußisch-Börnecke zusammen. 1906 wurde im Ort ein Wasserwerk errichtet. Wirtschaftlich war Groß Börnecke durch die Landwirtschaft geprägt. Im Ort bestanden ein Staatsgut sowie mehrere großbäuerliche Betriebe. Auf dem Gelände des Wohnplatzes Jakobsgrube bestand Anfang des 20. Jahrhunderts, auf der Grundlage der dort im Tiefbau gewonnenen Braunkohle, ein Kraftwerk. Es diente u. a. der Versorgung von Staßfurt und Schönebeck mit Strom.

 

Am 1. November 1928 wurde der Gutsbezirk Preußisch Börnecke mit der Landgemeinde Preußisch Börnecke vereinigt.

 

Die Gemeinde Preußisch Börnecke wurde am 2. November 1950 in Groß Börnecke umbenannt.

 

Im Gutsherrenhaus Schaeper wurde 1951 ein Kinderheim gegründet, das seit 1996 als Kinder- und Jugendhilfezentrum „Am Wasserturm“ betrieben wird. Bis in die 1970er Jahre bestanden in der Nähe des Dorfes Reste einer historischen Bockwindmühle.

 

1991 trat man dem Abwasserzweckverband „Bodeniederung Klärwerk Hecklingen“ bei, 1997 waren alle Haushalte des Orts an ein neues Klärwerk angeschlossen.